자산 양수도 vs 주식 양수도: 매각 구조의 선택

이커머스 매각 시 사업권만 이전하는 자산 양수도와 법인 전체를 넘기는 주식 양수도는 세무적 임팩트와 리스크 승계 범위에서 극명한 차이를 보입니다. 부가세 발생 여부와 우발채무 차단 효과를 면밀히 분석하여 셀러에게 가장 유리한 딜 구조를 설계하는 전략이 필요합니다.
남채연's avatar
Dec 31, 2025
자산 양수도 vs 주식 양수도: 매각 구조의 선택

1️⃣ 자산 양수도(Asset Deal): 리스크 차단과 개별 자산의 이전

자산 양수도는 법인격은 유지한 채 쇼핑몰의 운영권, 재고, 상표권, 데이터베이스 등 유·무형의 자산만을 선별적으로 매각하는 방식입니다. 이 방식의 가장 큰 특징은 우발채무의 단절입니다. 바이어는 과거 법인의 세무 리스크나 미지급금 문제를 승계하지 않고 오직 수익을 내는 자산만을 취득하기를 선호할 때 이 구조를 요구합니다.

이커머스 셀러 입장에서는 법인에 남은 다른 사업부나 자산을 유지하면서 특정 브랜드만 엑시트할 수 있다는 장점이 있습니다. 다만, 개별 자산마다 양도 절차(계정 명의 변경, 계약 승계 등)를 별도로 진행해야 하므로 실무적 번거로움이 따릅니다. 또한, 원칙적으로는 재고 자산 등에 대해 부가가치세가 발생하되, '사업의 포괄적 양도' 요건을 충족할 경우 부가세 비과세 적용이 가능하므로 요건 검토가 필수적입니다.


2️⃣ 주식 양수도(Stock Deal): 법인 전체의 승계와 절차의 간소화

주식 양수도는 법인의 주주가 보유한 주권을 바이어에게 넘김으로써 경영권을 이전하는 방식입니다. 이 경우 법인이 보유한 모든 계약 관계, 인허가, 자산뿐만 아니라 채무까지 통째로 이전됩니다. 자산 양수도와 달리 개별 자산의 명의 변경 절차가 불필요하여 딜 클로징 속도가 매우 빠르다는 실무적 이점이 있습니다.

셀러에게 가장 매력적인 점은 세무적 효율성입니다. 주식 양도에 대해서는 부가가치세가 발생하지 않으며, 일정한 요건을 갖춘 중소기업 주식 양도 시 낮은 세율의 양도소득세가 적용되어 실질 수령액을 높일 수 있습니다. 그러나 바이어 입장에서는 과거의 모든 리스크를 떠안아야 하므로, 실사 과정이 자산 양수도보다 훨씬 까다롭게 진행되며 강력한 진술 및 보장(Representations and Warranties) 조항을 요구받게 됩니다.


3️⃣ 부가세 및 법인세 이슈: 세무적 실익의 비교 분석

거래 구조에 따라 발생하는 세금의 종류와 주체가 달라집니다. 자산 양수도에서 매각 대금은 법인의 수입으로 귀속되어 법인세 과세 대상이 되며, 대표자가 이 돈을 개인화하려면 배당이나 급여 처리를 통해 추가적인 소득세를 부담해야 하는 이중 과세 구조를 가집니다. 반면, 포괄 양수도가 아닐 경우 자산 매각 가액의 10%에 해당하는 부가세를 바이어로부터 징수하여 납부해야 합니다.

주식 양수도는 대금이 주주 개인에게 직접 지급되므로 법인세 이슈가 발생하지 않습니다. 대신 대주주로서 양도소득세증권거래세를 부담하게 됩니다. 이커머스 기업의 밸류에이션이 높을수록 주식 양수도가 셀러의 최종 현금 유입액 관점에서 유리한 경우가 많습니다. 따라서 딜 초기 단계에서 예상 세액 시뮬레이션을 통해 법인 자산으로 남길 것인지, 개인 자산으로 회수할 것인지 결정해야 합니다.


4️⃣ 우발채무 승계 리스크와 실사의 강도 차이

바이어가 주식 양수도를 꺼리는 가장 큰 이유는 보이지 않는 부채에 대한 공포입니다. 과거의 세금 과소 신고, 근로자와의 퇴직금 분쟁, 고객 개인정보 유출 사고 등은 주식 양수도 시 바이어가 고스란히 책임져야 합니다. 이 때문에 주식 딜에서는 에스크로(Escrow)홀드백 기간을 길게 설정하거나, 매각 대금의 일부를 우발채무 담보용으로 묶어두는 경우가 빈번합니다.

이커머스 사업의 특성상 정산 주기와 재고 매입 채무가 복잡하게 얽혀 있다면, 바이어는 깔끔하게 사업권만 가져가는 자산 양수도를 고집할 수 있습니다. 셀러는 자신의 장부가 투명하고 내부 통제 시스템이 완벽하다는 점을 입증하여 바이어를 안심시키거나, 역으로 자산 양수도를 수용하되 영업권(Premium) 가치를 더 높게 책정받는 협상 전략을 구사해야 합니다.


5️⃣ 결론: 비즈니스 상황에 최적화된 구조 설계가 핵심

결론적으로 자산 양수도와 주식 양수도 중 절대적으로 우월한 방식은 존재하지 않습니다. 법인 내에 여러 쇼핑몰 중 하나만 매각하거나 과거 세무 리스크가 우려된다면 자산 양수도가 합리적입니다. 반면, 법인 전체를 깔끔하게 정리하고 낮은 세율로 엑시트 자금을 회수하고 싶다면 주식 양수도가 최선의 선택입니다.

바이어와의 협상 테이블에서 구조적 차이를 이해하지 못한 채 가격에만 매몰되는 것은 위험합니다. 구조에 따라 실질 수익이 수억 원 이상 차이 날 수 있기 때문입니다. 비즈토스는 대표님의 재무 상태와 향후 계획을 분석하여, 세금은 줄이고 리스크는 차단하는 최적의 딜 구조를 제안합니다. 정교하게 설계된 매각 구조는 그 자체로 강력한 수익 방어 수단입니다.

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